一言にタイムアウトといっても、Webアプリケーションの場合は
いろいろなタイムアウトがあります。
セッションタイムアウト、データベースの接続タイムアウト、
アプリケーションプールのアイドルタイムアウト、トランザクションタイムアウトなど・・・。
いろいろなタイムアウトがあり、設定方法もそれぞれ違うわけですが、
ここではトランザクションのタイムアウトの設定方法について説明します。

１．コントロールパネルを開く
２．[管理ツール] → [コンポーネントサービス] を選択する
３．ダイアログが開くので、ツリーを [コンポーネントサービス] - [コンピュータ] と展開する
４．[マイコンピュータ]を右クリックしてプロパティを開く
５．[オプション]タブを選択する
６．トランザクションタイムアウトの入力欄があるのでそこで設定する

最大で3600秒（１時間）まで設定できます。

本来ならばトランザクションタイムアウトの時間を延ばす前に
環境やプログラムなどのパフォーマンス改善を考えるべきですが、
改善する時間がとれないときなどの一時的な対応方法として
覚えておくといいかもしれません。