J2EEアプリケーションでは、「WEB-INF/classe」配下のクラスファイルの方が、
「WEB-INF/lib」配下のjarファイルよりも早く検索される。
同じクラスが、両方に配置されていた場合は、「WEB-INF/classe」配下の
クラスの方がロードされます。
クラスを更新したのに、実際に動作させると古いバージョンのクラスを
参照しているような動作をしている場合は、このことが原因かもしれませんよ!!
でも、この仕組みを利用すれば、既存のライブラリの問題点に対して
自作のパッチ適用を行えることもできるのでは。