Eclipseを動作させるJavaVMを明示的に指定する方法をご紹介します。

通常Eclipseは、環境変数で指定されているjdkのJavaVMを利用して動作します。しかし、Eclipseの起動オプション「-vm」で使用したいjdkのjava.exeもしくは、javaw.exeを指定することにより、異なるバージョンのJavaVMで動作させることが可能になります。
ただし、java.exeを指定してしまうと、不要なウィンドが表示されてしまうので、ウィンドウが表示されないjavaw.exeを指定したほうがよいと思います。

例）
．．\eclipse.exe -vm c:\jdk1.4.2\jre\bin\javaw.exe

この方法を利用すれば、jdk1.3系の開発でも、jdk1.4系がインストールされていれば、jdk1.4系でなければ動作しないEclipse3.x系を使用することが出来ます。

ちなみに私は、eclipse.exeのショートカットを作成し、ショートカットのオプションのリンク先で起動オプション「-vm」を指定して利用しています。