WEBサーバの制約で、CLI版のPHPがインストールされていない、
または利用できないことがあると思います。
そんな環境で、PHPのバッチ処理を行う場合の一つの方法を紹介します。

方法としてはとても簡単です。
Linuxのwgetコマンドを利用して、CronでPHPプログラムを呼び出すだけです。
wgetコマンドオプションの--delete-afterを使用すれば、ファイル
取得後すぐに削除されます。

処理に時間がかかり、何も出力されない時間が長く続くとクライアント側で
タイムアウトを起こしてしまうので、処理中になんらかのデータを
クライアント側に流す必要があります。

その他にPHPのタイムアウト時間の設定が変更可能であれば
php.iniのmax_execution_timeの設定を変更します。
むやみに大きい時間に設定してしまうと、プログラムが暴走した場合に
歯止めがきかなくなってしまうので、注意が必要です。

Apache の場合はTimeoutの設定、IISの場合はCGIタイムアウト
関数の設定を変更する必要もあるかもしれません。