既知のことだと思いますが、Vistaでは
Visual Studio2000/2003はサポートされていないようです。
先々月辺りにMS米幹部が公表しています。

XPで開発したVisual Studio2000/2003の
アプリケーションはVistaでも動作は行えるとのことですが、
去年まではメインで使用されていた2003が非対応なのは
どうなのだろうか・・・

ただ、Visual Basic6.0とVB 6.0のランタイムならびに
開発したアプリケーションがWindows Vistaに対応する模様。
今後、この問題が解決するかどうかは明言していないようです。

一応実行することは可能のようです。

以下のMSサイトに記述されています。
http://www.microsoft.com/japan/msdn/vstudio/support/windowsvista/vs03onvista/default.aspx