プログラムを作成し、実行してみたら、JavaScriptエラーが大量に発生しました。
JSファイルを読み込んでいたので、JSファイル内のJavaScriptを確認しましたが、
特に問題になりそうなコードがありませんでした。
結局、JSファイルが文字化けしているらしいということがわかりました。

以下の方法で解決しました。
・WebConfigの要素の要素内にある、
　要素のresponseEncoding属性を"Shift-JIS"に設定する。

今回、JSファイルがShift-JIS形式だったため、エラーが起こっていたようです。
JSファイル以外でも、外部ファイルを読み込み時に、問題が起こったら、
要素を確かめてみる必要があると思います。

ちなみにresponseEncoding属性の初期設定は"utf-8"です。